虽然患有心脏方面的疾病，但是少年翔（神木隆之介配音）的父母依然对他疏于呵护。为了准备即将到来的手术，翔来到了位于偏远乡间的姨婆（竹下景子配音）家静养。姨婆家位于一片幽静的丛林中，这是一幢有着上百年历史的欧式别墅。这里除了生活着姨婆和女佣阿春（树木希林配音）外，还有一个奇特的三口之家，“借东西一族”——小人阿莉埃蒂（志田未来配音）和她的爸爸（三浦友和配音）妈妈（大竹忍配音），他们生活在别墅的地板下，只有几公分高，过着不为人类察觉的生活。遇到所需的日常用品时，便会在夜深人静之时偷偷潜入厨房借出来。翔无意中瞥见

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。

距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，